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El Esquema de Certificación en Bienestar Animal Welfair se basa en una auditoría exhaustiva del bienestar animal mediante su observación directa, así como de su entorno. Estas auditorías siguen las indicaciones marcadas por los protocolos de Welfare Quality®, que pueden obtenerse aquí (en inglés), así como de los protocolos AWIN®.
Los protocolos Welfare Quality se desarrollaron inicialmente solo para tres especies, vacuno, porcino y pollos/gallinas en granja y matadero. No obstante, los operadores que trabajan con otras especies han reclamado en los últimos años que también necesitan este tipo de herramientas. Por este motivo, el IRTA ha desarrollado nuevos protocolos "Welfare Quality Inspired" para la certificación Welfair en conejos, ovino, caprino, pavos.
En vacuno existen tres protocolos Welfare Quality®: uno para vacuno lechero, otro para vacuno de engorde en granja, y otro para vacuno en matadero.
En porcino existen tres protocolos Welfare Quality®: uno para cerdas y lechones, otro para cerdos de engorde y un último para cerdos de engorde en matadero.
En aves de corral existen tres protocolos Welfare Quality®: uno para pollos en granja, otro para pollos en matadero y otro para gallinas de puesta. Además, se dispone del protocolo AWIN® para pavos de engorde.
En ovino existen dos protocolos AWIN®: uno para cordero de cebo, otro para oveja lechera. Además, se dispone del protocolo Welfare Quality Inspired para matadero.
En conejos existen tres protocolos Welfare Quality® Inspired: uno para madres y gazapos, otro para conejo de engorde y un último para conejos de engorde en matadero.